Les systèmes nationaux de protection sont d’une importance capitale et constituent un maillon essentiel dans la chaine de promotion et de protection des droits humains. Ils doivent offrir aux populations des opportunités de participation à la planification et au développement, mais également les possibilités de réclamer leurs droits lorsque ceux-ci sont bafoués. Ils doivent permettre l’accès à l’information pertinente et doter les groupes marginalisés de capacités pour qu’ils formulent des propositions et exiger leurs droits.
Le gouvernement et le parlement sont les responsables principaux pour la promotion et la protection des droits de l’homme notamment l’harmonisation de la législation nationale aux conventions internationales et leur mise en œuvre effective, la soumission des rapports aux organes des traités, la mise en œuvre des recommandations des mécanismes des droits de l’homme. Cependant, en plus de ces institutions d’autres mécanismes doivent être mises en place pour appuyer et contrôler leur effectivité comme l’Institution Nationale Indépendante des droits de l’homme, le Mécanisme National pour la préparation des rapports etc….
Par ailleurs, le système de protection nationale outre les mécanismes institutionnels comprennent La société civile doit être active, indépendante et avoir des capacités pour porter la voix des groupes exclus et marginalisés et détenir un contrôle sur les processus de prise de décision.
C’est pourquoi le Bureau accorde une importance capitale au renforcement des mécanismes nationaux
Établissement d’un Comité national permanent de rédaction des rapports et de suivi des recommandations de tous les mécanismes des droits de l'homme
L'OHCDH-Burundi a plaidé pour la mise en place d'un Comité permanent chargé de veiller au respect par le gouvernement de ses obligations internationales en ce qui concerne la soumission des rapports aux organes de traités sur les droits de l'homme et de suivi des recommandations.
Depuis l’adoption le 8 avril 2015 du Décret portant nomination des membres du Comité permanent, l'OHCDH-Burundi a fourni une assistance technique pour le renforcement des capacités de ses membres sur les normes internationales des droits de l'homme. Depuis lors, plusieurs rencontres et ateliers de formation ont été organisés pour les membres du comité à Bujumbura et dans les provinces.
L’OHCDH a également dote le Comite permanent d’un centre de documentation et de recherche en droits de l’homme. Ce centre sert aussi de salle de conférence des membres du comité permanent en charge de la rédaction des rapports.